یادداشت اوّل در دوگونه مواجهه انقلابیون با نظام و تفکیک جریان عقلانیت انقلابی از عقلانیت انفعالی بود و یادداشت دوم در شناخت جریانهای پیشرو عقلانیت در نظام با تمرکز بر شناخت جریان عقلانیت عرفی بود. روشن شد دو نظام داریم که عقلانیت نظام امامت و امّت کاملاً انقلابی است امّا عقلانیت نظام دیوان‌سالاری برآیند سه جریان عقلانیت انقلابی،عقلانیت عرفی و عقلانیت غربی است.
امّا عقلانیت مَدرَسی: منظور جریان فقهی غیر واقع‌گرا در حوزه‌های علمیّه است. جریانی که با فهم و تلقّی خاصّ خود از تفقّه و شریعت، علی رغم اینکه دوستدار انقلاب بود و هست، در دهه 60 از مدار تأثیرگذاری در روند اداره نظام خارج شد و در دهه‌های بعدی نیز عملا منزوی شد.
ماجرا به اختلاف جریانهای اسلامی-انقلابی در اداره نظام در دهه 60 برمی‌گردد. در ابتدا وقتی مصالح کلان نظام با فهم فقهی رایج حوزه‌های علمیه هماهنگ نشد امام راحل با تبیین نقش احکام ثانوی شرعی راهی برای عبور از این بن بست باز کردند لکن کشمکش‌ها در نحوه اداره اسلامی نظام همچنان باقی ماند. جریانی معتقد بود که راه درست عمل به مرّ احکام اوّلیّه شریعت است و طرح احکام ثانویه راهی برای دور زدن احکام اوّلیه، و جریانی دیگر تقیّد تامّ به این احکام را موجب هضم ایران در جریان لیبرال سرمایه‌داری با تمام بی‌عدالتی‌ها و استثمارها و ظلم‌های آن می‌دانست.
اگرچه طرح احکام ثانویه تا حدی مشکل را برطرف کرد امّا از آنجا که این روش نیازمند احراز عناوین خاصی چون اخلال در نظام معیشت به نحو عرفی و کارشناسی از طریق تصویب دو سوم مجلس بود مشکل حل نشد.
اوج این اختلافات در مسائل مربوط به قانون کار در سال 66 بود. جایی که یک جریان قوی و البته اقلّیت در مجلس طرح قانون کار را هم خلاف عقلانیت می‌دانست و برآمده از رویکردهای مارکسیستی و چپ و هم خلاف شریعت اسلامی.
در اینجا حضرت امام بار دیگر با تبیین مبانی خود در تفاوت احکام حکومتی و شرعی(چه اوّلیه و چه ثانویه) و تقدّم احکام حکومتی بر شرعی گره و انسداد را از اداره نظام باز کردند.
عدّه‌ای چون آیت‌الله صافی نظرشان این بود که اختیار دولت در مشروط کردن خدمات عامّۀ انحصاری‌اش به اموری باعث می‌شود «نظامات اسلام از مزارعه اجاره تجارت و ساير روابط بتدريج عملًا منع و در خطر تعويض و تغيير قرار بگيرد.»
امام در نامه‌ای در تبیین اختیارات حکومت فرمودند: «آنچه گفته شده است تاكنون و يا گفته مى‌شود ناشى از عدم شناخت ولايت مطلقه الهى است. آنچه گفته شده است كه شايع است، مزارعه و مضاربه و امثال آنها را با آن اختيارات از بين خواهد رفت، صريحاً عرض مى‌كنم كه فرضاً چنين باشد، اين از اختيارات حكومت است و بالاتر از آن هم مسائلى است كه مزاحمت نمى‌‌كنم.»
شاید یکی از ریشه های دومین استعفاء آیت‌الله صافی از دبیری شورای نگهبان بعد از ماجرای انتخابات مجلس به همین مورد برگردد.
حضرت امام در جایی دیگر می‌فرمایند:
«تذكری پدرانه به اعضای عزيز شورای نگهبان می‌دهم كه خودشان قبل از اين گيرها، مصلحت نظام را در نظر بگيرند، چرا كه يكی از مسائل بسيار مهم در دنيای پر آشوب كنونی نقش زمان و مكان در اجتهاد و نوع تصميم‌گيريها است. حكومت فلسفه عملی برخورد با شرك و كفر و معضلات داخلی و خارجی را تعيين می‌كند و اين بحثهای طلبگی مدارس، كه در چهارچوب تئوريهاست، نه تنها قابل حل نيست، كه ما را به بن‌بستهايی می‌كشاند كه منجر به نقض ظاهری قانون اساسی می‌گردد. شما در عين اينكه بايد تمام توان خودتان را بگذاريد كه خلاف شرعی صورت نگيرد- و خدا آن روز را نياورد- بايد تمام سعی خودتان را بنماييد كه خدای ناكرده اسلام در پيچ و خمهای اقتصادی، نظامی، اجتماعی و سياسی، متهم به عدم قدرت اداره جهان نگردد.»
جان کلام عدم توجّه عقلانیت مَدرَسی به واقعیّتی به عنوان اداره کشور است! جریانهای فقهی در عقلانیت مدرسی اگرچه اخباری نیستند و مجتهدند. امّا وقتی اجتهاد نتواند خود را با مکان و زمان تطبیق دهد چه بخواهد و چه نخواهد اخباری خواهد شد. ریشه این امر عدم التفات کافی به مقوله «اداره» است. جایی که امام راحل می‌فرمایند: «روحانيت تا در همه مسائل و مشكلات حضور فعال نداشته باشد، نمی‌تواند درك كند كه اجتهاد مصطلح برای اداره جامعه كافی نيست.»
تأسیس مجمع پاسخ ساختاری ولایت فقیه در تأمین مصالح نظام بود و مشکل رویکرد سلبی عقلانیّت مدرسی را تا حدّی برطرف کرد امّا مسأله اصلی در رویکرد ایجابی است. جایی که در فقدان نظریه پردازی دینی حوزه‌ها در اداره کشور، عقلانیت غربی و عقلانیت عرفی مسیر اداره کشور را تعیین می‌کنند. البته در پیِ گفتمان‌سازی حضرت امام و آقا در طول این سالها جریانهای جوان و امیدآفرین از فضلاء حوزوی وارد این میدان شده‌اند امّا هنوز تا پیشرانی فاصله دارند.